Нужно зарегистрировать аккаунт на того, кто будет являться владельцем домена, и спокойно оплачивать хоть Яндекс Деньгами, хоть WebMoney, хоть прямо через терминалы-платилки переводить деньги на соответствующий счёт, хоть банковским платежом.
Регистрировать домен, равно как и заказывать хостинг, можно как на физическое, так и на юридическое лицо.
Если владельцем домен нужен фирме,а не физическому лицу, лучше сразу регистрировать на юридическое лицо. Если домен фирмы зарегистрировать на сотрудника фирмы, потом могут быть проблемы, если уволится или захочет продать домен конкурентам, к примеру...