logfile_rotate указывает число бэкапных логов
Сам squid ничего не ротейтит!
Кто-то у тебя (крон?) пускает squid -k rotate, что и заставляет squid перезаписывать лог.
Наоборот, установи logfile_rotate 40, чтобы даже если вдруг произойдет ротация, старый лог не потерялся, а сохранился как logfile_rotate.0. Если такой уже есть, он переименуется в logfile_rotate.1 и т.д. до числа в этой опции.
Что значит "потом"? Через минуту, час, неделю, месяц?
И на сколько "заметно" снижается скорость?
Какова скорость запросов напрямую, минуя сквид в это время?
"No! Try not! Do. Or do not. There is no try." -- Yoda