lsof с ключиками пускал?
поскольку:
$ lsof | grep 3306
$
(т.е. пусто)
но:
$ netstat -an | grep 3306
tcp 0 0 0.0.0.0:3306 0.0.0.0:* LISTEN
Проверь, от имени какого пользователя пускается mysqld (опция --user=...) и кому на самом деле принадлежат его каталоги и базы.
Проверь, что прописано в my.cnf (если такой есть и используется)
В принципе, можно запустить непосредственно mysqld
(у меня висит процесс:
/usr/libexec/mysqld --basedir=/usr --datadir=/var/lib/mysql --user=mysql --pid-file=/var/lib/mysql/имя_машины.pid --skip-locking --default-character-set=koi8r)
через strace и посмотреть на какой именно стадии он ругается.
PS. дистр какой если не секрет?
"No! Try not! Do. Or do not. There is no try." -- Yoda