Периодически сталкиваюсь с тем, что файлы бьются, когда проходят через сети провайдера.

Допустим, две точки связаны туннелем поверх IP. Считаю md5sum на первой точке, закачиваю на вторую
с помощью wget, обсчитываю, md5 -- не совпадает. Делаю 5-10 таких перекачек с обсчетом на обоих
сторонах и 8 из десяти файлов приезжают поврежденными. После разговоров с провайдерами,
демонстративных прокачек по резервным каналам связи, иногда провайдер сознается, что барахлит
какой-нибудь его медиа-конвертер, а иногда не сознается. Доказать это провайдеру очень сложно,
но при желании возможно.

В твоем случае, я так полагаю файлы тоже "бьются" при копировании по сети.

Однозначно проверяй свои железки.
Если файл лежит локально, он никак не должен портиться. Сколько бы раз ту-же avi-шку не смотреть.
ФС какая? ext2/3 ? Полная проверка ext проходит по достижению 2-х условий (число монтирований или время после последней полной проверки). При обычной загрузке ext проверяется только на корректность отмонтирования. Поэтому попробуй запустить e2fsck с ключом -f (при отмонтированной ФС естественно).

Разговор про перекачку по сети особый. Здесь играют роль много параметров. У меня как-то lftp качал некорректно, после скачки md5 отличался. В то-же время wget скачал без повреждений.

Т.о. по сути вопроса у меня только 2 предположения:
1. сбоят железки (возможно винт)
2. какая-то прога пишет мусор в файл.

Ну или недостаточно данных от тебя о процессе скачки-сохранения-копирования-использования "битых" файлов.