А что ты хотел получить?
Провел эксперимент:
сделал (через оперу-же) экаунт
Залогинился - букмарки отправились на сервер
сделал: mv ~/.opera ~/.opera-bkp
Запустил оперу с "чистого листа"
Запустил синхронизацию и вуаля - все букмарки чудесным образом появились
Ну и не надо забывать: это 9.5-alpha, так что глюки возможны вообще любые.
И не забываем читать блог оперы:
http://my.opera.com/desktopteam/blog/Последний как раз посвящен синхронизации.
"No! Try not! Do. Or do not. There is no try." -- Yoda