В ядрах 2.4.x для DOS FAT файлухи была опция UMSDOS - где с помощью спец-файла производилось мапирование (в линуксе) длинных имен файлов в короткие вида 8.3
В ядре 2.6.x этой опции я уже не вижу... (может запрятана и явно не показывается, хотя существует)
Поскольку подлаживаться надо к винде, то остается только vfat и шаманить, чтобы сохранять все линуксовые атрибуты (например, хранить архивы и монтировать их в линуксе, в винде - распаковывать)
Посмотри в сторону fuse - наработано много файлух поверх fuse, которые могут помочь.
А вообще, ты не описал суть задачи.
Что значит "не только файлы таскать" ?
"No! Try not! Do. Or do not. There is no try." -- Yoda