
Если они друг-другу не мешают, в этом нет необходимости.
В отличии от висты в линуксе нет реестра и соответственно отсутствует необходимость его чистки (засчет корректного удаления приложений).
Если не хватает места, то можно начать чистить с /tmp.
Как правильно отметил LOE, если аккуратно пользоваться пакетными менеджерами при установке и удалении программ, большенство проблем исчезает.
Однако в штатных средствах отсутствует проверка зависимостей, об этом необходимо помнить при удалении пакетов.
Когда кругозор человека сужается к минимуму, он называет это своей точкой зрения.