Любой устраивающий тебя фронтэнд для mkisofs - тот-же k3b
Если формируешь новую сессию в мультисессонном диске и кидаешь файл с тем-же названием (в том-же месте), то новый файл записывается (есно) еще раз, но, поскольку формируется новое оглавление, старый становится "невидимым"
Если хочешь с RW работать как с большой флэшкой, читай доку по UDF файловой системе
Тогда сможешь CD монтировать с rw, файловая система будет уже, разумеется, не iso9660
"No! Try not! Do. Or do not. There is no try." -- Yoda