Возможно. 2 пути.
1. Задействовать suExec в апаче. Осложняется тем, что из-под рута запуск скриптов блокируется. Можно обойти перекомпилировав апачевский suExec, выключив эту проверку.
2. Задействовать промежуточный скрипт:
скрипт, запускаемый апачем, сохраняет данные в файлик. Периодически другой скрипт, запускаемый от рута проверяет наличие таких файликов и, при наличии оных, исполняет их.
В любом случае - обязательна необходима проверка данных.
И ты должен понимать, что тот, кто получит доступ к форме, отправляющей все эти команды-данные, может выполнить деструктивные действия: например6 сменить пароль рута и открыв доступ себе на сервер.
Т.е. думать, думать и думать, реализовывая все это. Обязательно проверять все данные. А лучше - сохранять их в нужном формате, парсить и выполнять только при условии совпадения всех данных, как по форме, так и по содержимому.
Незнамо как - лучше все это не делать.
PS. советую 2-й вариант с полными проверками.
"No! Try not! Do. Or do not. There is no try." -- Yoda